單細(xì)胞測(cè)序的興起，不僅是新概念炒作，而是在相關(guān)領(lǐng)域，長(zhǎng)時(shí)間由于技術(shù)的瓶頸很多生物學(xué)問(wèn)題沒(méi)有解決，現(xiàn)在突然有一個(gè)技術(shù)可以高性價(jià)比地解決這些問(wèn)題，導(dǎo)致這個(gè)技術(shù)被大量應(yīng)用。

以單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序技術(shù)為例開(kāi)展探討，單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組主要包括以下四個(gè)步驟，其中關(guān)鍵的一點(diǎn)就是如何進(jìn)行單細(xì)胞的捕獲/分選，這是決定單細(xì)胞檢測(cè)成本和通量的關(guān)鍵步驟。

主要步驟：在細(xì)胞分選的方法里，主要包括特異性分選和非特意性分選兩類方法，兩類方法的關(guān)系有點(diǎn)類似定量（只針對(duì)特定目標(biāo)基因進(jìn)行檢測(cè)）和轉(zhuǎn)錄組測(cè)序，用特定標(biāo)志對(duì)特定目標(biāo)細(xì)胞進(jìn)行挑選，然后對(duì)目標(biāo)細(xì)胞開(kāi)展測(cè)序，所以特異性選擇的方法通常通量很低。

非特異性選擇的方法則通常都是高通量的方法，一般是用特定的技術(shù)隨機(jī)從樣本中捕獲的大量細(xì)胞單體，然后直接平行對(duì)大量細(xì)胞進(jìn)行獨(dú)立的測(cè)序，再?gòu)拇罅繂渭?xì)胞數(shù)據(jù)中尋找自己感興趣的細(xì)胞類型進(jìn)行后續(xù)分析。反轉(zhuǎn)錄擴(kuò)增過(guò)程中，每個(gè)細(xì)胞的cDNA會(huì)被接上特異的接頭序列，保證后續(xù)混合測(cè)序后還能重新獨(dú)立拆分每個(gè)細(xì)胞的數(shù)據(jù)，芯片由于可以平行進(jìn)行96個(gè)細(xì)胞的建庫(kù)測(cè)序，降低了成本。

單細(xì)胞測(cè)序進(jìn)行目標(biāo)組織細(xì)胞圖譜全景掃描這樣的研究，一般要求檢測(cè)至少數(shù)千個(gè)甚至幾十萬(wàn)個(gè)細(xì)胞，而芯片通量只有96個(gè)細(xì)胞，則意味著要進(jìn)行多次芯片捕獲，這會(huì)提高芯片耗材的投入成本，因此，我們還需要更高通量的技術(shù)。單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序是在單個(gè)細(xì)胞水平對(duì)mRNA進(jìn)行高通量測(cè)序的一項(xiàng)新技術(shù)，針對(duì)單個(gè)細(xì)胞研究其整體水平的基因表達(dá)情況，成功解決細(xì)胞分子機(jī)制研究中常見(jiàn)的細(xì)胞異質(zhì)性、細(xì)胞量少而無(wú)法進(jìn)行常規(guī)高通量測(cè)序等難題。